Die HSR ist in die drei Bereiche Aus- und Weiterbildung, anwendungsorientierte Forschung und Entwicklung aF&E sowie Verwaltung gegliedert. 

Die HSR wird durch die Trägerkantone St.Gallen, Schwyz und Glarus getragen, was in einer Trägervereinbarung begründet ist. Die politischen Vertreter sowie Exponenten aus der Wirtschaft bilden den Hochschulrat, welcher die strategische Führung der HSR wahrnimmt. Die Zusammensetzung entspricht dem durchschnittlichen Verhältnis der Studierenden: Fünf Vertreter aus dem Kanton St.Gallen, drei Vertreter aus dem Kanton Schwyz und einem Vertreter aus dem Kanton Glarus. Die Vertreter der Wirtschaft sind gleichzeitig die Präsidenten der Fachausschüsse der Studiengänge.

Die operative Führung der Schule wird durch die Schulleitung wahrgenommen, welche sich aus dem Rektor, der Prorektorin, dem Prorektor und dem Verwaltungsdirektor zusammensetzt.

Als Stabstellen der Schulleitung angegliedert sind die Stellen für Qualitätsmanagement, Didaktik/Methodik sowie Gleichstellung.

Die Abteilungen der Verwaltungsdirektion bieten Dienstleistungen verschiedenster Art an. Diese können von Studierenden und Mitarbeitenden, aber auch sonstigen Interessierten in Anspruch genommen werden.